Kütahya'nın tarihi dokusunda önemli bir yer tutan Balabaniye Medresesi, halk arasında bilinen adıyla "Nallı Medrese", yok olma tehlikesiyle karşı karşıya. Germiyanoğulları Beyliği döneminde, 14. yüzyılın sonlarına tarihlenen bu anıtsal yapı, Lala Hüseyin Paşa Camii'ne giden cadde üzerinde bulunuyordu.Kütahyalı ressam Ahmet Yakupoğlu'nun ünlü yağlı boya tablosundan, medreseye ait kemerli bir bölümün 1980'li yıllara kadar ayakta kaldığı anlaşılırken, günümüzde ise neredeyse tamamen yok olmuş durumda.Konuya ilişkin açıklamalarda bulunan Arkeolog Metin Türktüzün, Balabaniye Medresesi'nin "korunması gerekli anıtsal yapı" kapsamında tescilli olmasına rağmen, yalnızca kağıt üzerinde koruma altına alındığını belirtti. Medresenin tarihine ışık tutan bilgiler ise oldukça dikkat çekici olduğunu kaydeden Türktüzün, Balaban Paşa tarafından yaptırıldığı düşünülen medresenin, Hamza Güner'in 1964 tarihli Kütahya Camileri adlı eserinde 1876 yılında Halvetî Tekkesi'ne dönüştürüldüğünün belirtildiğini aktardı. Ayrıca bu dönüşümle ilgili bir kitabeye Kütahya Müzesi'nde rastlanıyor. Medreseye dair vakıf gelirleri ise II. Yakub Bey dönemine ait vakıf defterlerinde yer alıyor. Bu da yapının en az 1411 yılından önce var olduğunu ortaya koyuyor.Tarihçi Özlem Camköz ise medresenin tek katlı, kubbeli, avlulu ve eyvanlı bir yapıya sahip olduğunu ve döneminin en büyük medreselerinden biri olduğunu ifade etti. Camköz, 1936 yılında çıkarılan ve vakıf mallarının satışına imkân tanıyan 2950 sayılı yasa gereği Hüseyin Balaban adlı bir kişiye satılmasıyla birlikte, yapının yıkılmaya başladığını, bugün ise geriye sadece birkaç duvar taşı ve hazirenin yanına yapılan çeşmeye devşirme malzemesi olan ve yalak olarak kullanılan, (M.S. 2.3. yüzyıl Roma dönemine ait Kotaeion-Kütahya-lu bir vatandaşa ait) lahit mezar taşının ulaşabildiğini anlattı.Camköz, Balabaniye Medresesi'nin Kütahya'nın ilmi geçmişinde önemli bir yere sahip olduğunu, ancak günümüzde kentsel dönüşüm ve modernleşme süreçlerinin bu tür tarihi yapılarda ciddi tahribata yol açtığını vurguladı.
